شهید رجایی ۲۸ روز پس از شروع ریاستجمهوریاش، بر اثر انفجار در دفتر نخستوزیری به همراه نخستوزیرش محمدجواد باهنر به شهادت رسید. گفته شده عامل انفجار مسعود کشمیری، دبیر وقت شورای امنیت ملی و از اعضای سازمان مجاهدین خلق بود که در دستگاههای اجرایی ایران نفوذ کرده بود.